بازسازی انجمن برادری

پس از بازگشت به ویلا عموی خود را از رم در آغاز قیام انجمن برادری حشاشین، Ezio به اتاق Codex ویلا می رود و به آنها می گوید که همه چیز اتفاق افتاده و آنچه مینروا گفته بود. یک روز بعد، ویلا توسط ارتش پاپ به رهبری Cesare Borgia، پسر پاپ و رهبر جدید سفارش تمپلار محاصره شده است. سیب گم شده است، Monteriggioni اخراج شده است، کاترینا Sforza ربوده شده است، و عموی اتزیو ماریو در محاصره کشته شده است. Ezio برای فرار از خارج از شهر با مادر و خواهرش و شهروندان باقی مانده، برای یک بار و برای همه از بین بردن بورجیا برای رم برای رم آماده می شود. با این حال، Ezio در طول حمله به Monteriggioni زخمی شد. او سقوط می کند و ناخودآگاه در جاده می افتد. چند روز بعد Ezio در مراقبت از یک زن در رم بیدار شد. او یک مجموعه جدید از لباس های Assassin و ابزار اصلی خود را دریافت می کند، توسط Niccolò Machiavelli، یک حشاشین مرد آورده شده است. پس از جراحت زخم، اتزیو با ماکیاولی آشنا می شود و برنامه خود را به حرکت در می آورد و برای آزاد کردن رم و حذف Borgias از قدرت به طور دائم، و همچنین بازی سیب. به آرامی، در طول سه سال و نیم بعد، اتزیو و متحدانش برنده یک سری پیروزی بر بورجیا، احیا و احیای شهر شدند. در سال 1503، اتزیو بانکدار سزار و فرمانده کل فرانسوی را ترور می کند، پایگاه قدرت خود را در نزاع می کشد. سزار، در حالت خشم، پدرش، پاپ را می کشد و شروع به از دست دادن کنترل شهر می کند. در پایان سال 1503، بورگیا کنترل شهر را به طور کامل شکسته و Cesare توسط پاپ جدید دستگیر شد. Ezio سیب ادن را بازیابی می کند و آن را در زیر کولوسئوم در معبد Juno پنهان می کند. سزار در نهایت فرار از زندان و سر به اسپانیا برای ارتقاء ارتش جدید است. در سال 1507، Ezio به اسپانیا سفر می کند و با سزار در محاصره قلعه ویاانا به دست می آید. در نهایت توسط Ezio شکست خورد، Cesare Borgia خشمگین به اتزیو گفت:هیچ کس نمیتواند من را بکشد. اتزیو هم جواب داد:پس ولت میکنم تا خودت بمیری. و او را از بالای دیوار رها کرد تا بمیرد. پس از آن Ezio به رم به عنوان رهبر انجمن برادری جدید به رم بازگشت. به دنبال حقیقت...